这个问题要从三个方面来回答：1、南北朝的起止时间；2、这个时间中出了哪些皇帝；3、谁是南北朝最伟大的皇帝。
一、 南北朝的起止时间
这是一个常识问题，南北朝起止时间，由公元420年刘裕建立刘宋始，至公元589年隋灭陈为止。
南朝有宋、齐、梁、陈四朝，北朝有北魏、东魏、西魏、北齐和北周五朝，南北双方长期对峙，故称南北朝。
因此，本问题的提出，实际上已经排除了两晋时期的大量英雄皇帝，如：汉王刘渊、前秦王苻坚、赵王石勒、燕王慕容垂、后秦王姚苌等等。
二、 南北朝出了哪些皇帝
刘裕
刘宋皇帝：刘裕、刘义符、刘义隆、刘骏、刘子业、刘子勋、刘彧、刘昱、刘准
南齐皇帝：萧道成、萧赜、萧昭业、萧昭文、萧鸾、萧宝卷、萧宝融
南梁皇帝：萧衍、萧纲、萧统、萧欢、萧纪、萧绎、萧渊明、萧方智、萧詧、萧岿、萧琮、萧岩、萧璇、萧铣
南陈皇帝：陈霸先、陈蒨、陈伯宗、陈顼、陈叔宝
北魏皇帝（南北朝时期）：拓跋焘、拓跋余、拓跋晃、拓跋濬(浚)、拓跋宏、元恪、元愉、元诩 、元法僧、元钊、元勰 、元劭、元子攸、元颢、元晔、元朗、元怀、元修
东魏皇帝：元亶、元善见
西魏皇帝：元宝炬、元钦、元廓
北齐皇帝：高洋、高殷、高演、高湛、高纬、高恒
北周皇帝：宇文觉、宇文毓、宇文邕、宇文赟、宇文阐
三、 谁是南北朝最伟大的皇帝
先要明确好皇帝的评价标准，按照大众的心理，一个简单的标准就是：对内政治清明，经济发展，百姓安居乐业；对外开疆拓土，四夷臣服。
要讨论这个问题，可以从南朝和北朝各选出第一帝进行PK。
1. 南朝最伟大的皇帝
毫无疑问，宋、齐、梁、陈四朝，每朝的最伟大的皇帝都是开国皇帝，即宋是刘裕，齐是萧道成、梁是萧衍、陈是陈霸先。
若以刘裕、萧道成、萧衍和陈霸先之间PK，刘裕则是以明显优势胜出。
相比另外三个皇帝，刘裕以一介布衣出生成为开国皇帝，对外开疆拓土，多次主动北伐，收复洛阳、长安；对内整顿吏治，发展经济，其他三位则多少都有些投机，因此刘裕是实至名归。
2. 北朝最伟大的皇帝
拓跋焘
北朝的北魏、东魏、西魏、北齐、北周五朝，其中：东魏、西魏、北周都是傀儡皇帝，不值一提，北魏进入南北朝时期最伟大的皇帝自然是拓跋焘，北齐的第一帝也是开国皇帝高洋。
以拓跋焘和高洋相PK，拓跋焘胜出，因为高洋打仗还将就，但是没几年就腐化了，命也不长。
最后，南朝最伟大皇帝刘裕和北朝最伟大皇帝拓跋焘PK。
3. 南北朝最伟大的皇帝
刘裕死于公元422年，拓跋焘即位是公元423年，因此两人无缘交手，但是还是可以对二人做一个感性的比较：
1) 先比较二人的开疆拓土：
刘裕北伐
刘裕：灭南燕；收复巴蜀；降服汉中；同时和后秦、北魏开战，大败魏军，进长安灭后秦；征服越南大部。
北魏花木兰
拓跋焘：大破柔然；灭胡夏；灭北燕；灭北凉；大败刘宋，收复长江以北大批失地。
从用兵上看，刘裕的对手含金量较高，尤其是灭后秦的战争，是同时和两个强大的对手北魏和后秦开战，常常以弱胜强，化不利为有利；而拓跋焘的对手相对较弱，尤其胡夏、北凉和北燕都是小国，和刘宋的作战则是反击战，虽然反击到了长江以北，却再也无力南下。
2) 再比较二人治国
刘裕：整肃朝纲，将桓玄作乱后的各割据势力重新统一；减租减息，百姓修生养息，发展生产，提倡节俭，反对铺张浪费。
拓跋焘：北方民族众多，拓跋焘在民族团结上做了重要的贡献，“以五方之民各有其性，故倍其教不改其俗，齐其政不易其宜。”；将皇家园林改为农田，“悉除田禁，以赋百姓”；提倡节俭，反对浪费；晚年脾气暴躁，诛杀功臣崔浩。
从治国上看，拓跋焘做得比刘裕多，但是拓跋焘在位29年，刘裕只2年，因此无法进行量化比较，但是二人行政的方向是相同的。
综合起来看，刘裕在开疆拓土上要明显高出拓跋焘一筹，拓跋焘在治国安邦上做得比刘裕多。但是刘裕以一介布衣做到皇帝，必须先稳定内部再进行改革，因此难度系数也高于拓跋焘，再者，拓跋焘四十来岁就开始表现出暴躁昏聩，而刘裕一直到六十岁都表现出清醒的头脑和雄才大略。
因此，南北朝的最伟大皇帝非刘裕莫属。
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