雍正十一年（1733年），35岁的吴士功高中进士，被选为翰林院庶吉士。从国家高级干部培训班毕业后，吴士功出任吏部主事（正六品）。从政的起点不低，工作又尽心尽力，但二十多年过去，吴士功还是个“道员”（正四品）。究其原因，就是吴士功在不紧要的岗位，却要去关心紧要的事。任御史时，他上奏：“部院大臣、督抚不应该安插亲信任道员、知府。”任直隶大名道时，他又上奏建议对巡抚、藩王等高官实行离任审计。中央领导一“对号”，觉得吴士功上奏是冲着自己来的。于是，吴士功被远放外地任职。
?乾隆二十二年（1757年），乾隆南巡。此前，黄河、淮河多次漫口，运河沿岸灾迹依稀可见，但进入鲁南后，乾隆看到的却是一派时和岁稔的丰收景象。乾隆大悦，命吴士功出任湖北按察使，代理湖北巡抚。
虽然受到了乾隆的重用，但中央的一些干部一直想罢免吴士功，无奈总不能操作到位。当贪官打，找不到吴士功搞腐败的证据；当庸官治，可吴士功又政绩有声。大伙儿左思右想，终于有了“新思路”：罢不了你的官，还升不了你的职吗？
恰在这时，陕西出事了。乾隆二十三年春，陕西大旱，百姓缺粮。吴士功被提拔为陕西布政使，代理陕西巡抚。此间，黄河冰汛，水路不通，外边的赈灾粮运不进陕西。大伙儿都等着看吴士功的好戏，没料想吴士功从宁夏雇用骆驼，通过陆路运粮解决了陕西的燃眉之急。
?陕西的救灾工作刚取得阶段性胜利，一纸调令又将吴士功调到了保定，出任直隶布政使。吴士功踌躇满志，通过深入调查，正准备大显身手，干几件让老百姓看得见、摸得着的实事时，陕西遭遇雪灾，吴士功又被调任陕西布政使，代理陕西巡抚。
陕西抗雪救灾工作才理出头绪，吴士功就被提拔为福建巡抚。此时，福建正如烫手山芋，因为前一年，乾隆恢复“海禁”，台海两岸正闹群体事件，英国东印度公司也趁机在闽海滋事。而且，吴士功还得兼着陕西布政使，代理陕西巡抚。
在此期间，乾隆偶尔过问起吴士功的情况，得知他进步极大，屡屡升职，就夸奖吏部“知人善任”，至于吴士功到底在哪儿履职，日理万机的乾隆当然没空细问了。
?从湖北到陕西，再到直隶、福建，与其说是“重用”，还不如说是一种变相的“体罚”。不堪公务劳累和路途奔波，到福建后，吴士功终于病倒了，脑子也不好使了。
次年，台湾总兵因公款吃喝被人举报，乾隆令吴士功严查。吴士功上奏说：“公款已归还且有自首情节，宜减轻处罚。”结果，吴士功被权贵们弹劾，说他对属下事前管束不力，事后包庇袒护。为表现自己“严察”，乾隆下令将吴士功革职充边。后又因辖区内有人假造敕书获罪，吴士功用银赎罪获释，回故里不久就病逝了。
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